Dinas Perdagangan Kabupaten Kulon Progo sebelum diberlakukannya otonomi daerah pada mulanya merupakan kantor vertikal di bawah kantor wilayah dan kementerian masing-masing. Berawal dari terbitnya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintah Daerah, Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Kewenangan Propinsi sebagai Daerah Otonom disusun Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 11 Tahun 2000 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah Organisasi Dinas Daerah di lingkungan Pemerintah Kabupaten Kulon Progo maka dibentuklah Dinas Perindustrian Perdagangan Koperasi dan Pertambangan Kabupaten Kulon Progo.

Kemudian pada tahun 2008 sesuai amanat Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah terjadi perubahan nomenklatur Dinas Perindustrian Perdagangan Koperasi dan Pertambangan menjadi Dinas Perindustrian Perdagangan dan Energi Sumber Daya Mineral sampai kemudian perubahan menjadi Dinas Perdagangan sesuai dengan amanat Peraturan Daerah Nomor 14 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, dan diubah melalui Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2019 yang kemudian dilakukan perubahan kedua melalui Peraturan Daerah Nomor 12 Tahun 2021 menjadi Dinas Perdagangan dan Perindustrian Kabupaten Kulon Progo. Pada tahun 2025, sesuai Peraturan Daerah Kulon Progo Nomor 3 Tahun 2024 terjadi perubahan nomenklatur Dinas Perdagangan dan Perindustrian menjadi Dinas Perdagangan.